Ученическое самоуправление в МБОУ гимназии «САН» осуществляется следующим образом.

На уровне школы:

•  через деятельность детского объединения  «Республика Юных Дружных Сердец» (ЮДС) учащихся – Совета Министров, создаваемого для учета мнения школьников по вопросам управления образовательной организацией и принятия административных решений, затрагивающих их права и законные интересы;
•  через работу постоянно действующих секторов по направлениям деятельности, инициирующих и организующих проведение личностно значимых для школьников событий (соревнований, конкурсов, фестивалей и  т.п.), отвечающих за проведение тех или иных конкретных мероприятий, праздников, вечеров, акций и т. п.

На уровне классов:

•  через деятельность выборных Совета Министров класса, представляющих интересы класса в общешкольных делах и призванных координировать его работу с работой общешкольных органов самоуправления и классных руководителей;
•  через деятельность выборных органов самоуправления, отвечающих за различные направления работы класса.

На индивидуальном уровне:

•  через вовлечение обучающихся с 1 по 11 класс в деятельность ученического самоуправления: планирование, организацию, проведение и анализ общешкольных и внутри классных дел;
•  через реализацию обучающимися, взявшими на себя соответствующую  роль и  функции